●手續更簡便通過一份簡單的申請書，就可以指定所有95個成員國，相對于逐一國家進行國際(每個國家都要填一份不同的申請書)、申請書式的填寫大大方便。
●費用更劃算商標馬德里國際注冊的費用包括三部分：一是基礎注冊費，二是指定國家的費用，三是本國商標主管機關的費用。國際注冊申請人可以在一份申請中指定一個或者多個成員國要求對其申請商標進行保護，無論指定一個成員國還是指定全部成員國，商標國際注冊申請人均只需繳納一份基礎注冊費，因此，指定的國家越多越合算。
●時間更節省馬德里聯盟對成員國審查商標的時間作出了具體要求：協定締約方在收到國際局轉交的申請后12個月內完成審查，議定締約方在收到國際局轉交的申請后18個月內完成審查;如此一來，對于那些實際審查期限非常長的國家，此種規定大大縮短了申請人為得到該國的商標注冊保護而需等待的時間。比如意大利，如果到該國單獨提出商標注冊申請，正常情況下獲得商標注冊的時間約為3年—4年，而通過馬德里國際注冊體系，從申請到取得商標國際注冊證書，再到意大利按規定能夠花費的審查期限，全部時間加起來最長不超過20個月，比單獨申請注冊的時間短很多。
馬德里注冊體系的弊端：
●中心打擊”原則通過商標馬德里國際注冊程序注冊的商標，如果在注冊之日起5年之內，基礎注冊或申請全部或部分被駁回、撤回、注銷、撤銷、放棄或宣布無效，那么，其效力及于所有指定國，即該商標不得再要求國際注冊給予的保護，而不管該商標的國際注冊是否已經被轉讓，這項規定被稱為“中心打擊”。
●通過馬德里注冊沒有常規的注冊證，只有指定國家的證明書。
●指定美國和歐盟成員國時，由于國內的很多產品名稱與美國歐盟的產品名稱不一樣，經常會因為通過馬德里延伸過去而被臨時駁回，臨時駁回后，需要答復官方意見，費用大約二千到三千不等。
單獨商標注冊其優缺點在于：
1.逐一的國家商標注冊可以給產品出口型企業提供最穩妥、最有效、最直接商標保護。
2.逐一國家注冊形式最為快捷便利，注冊周期視各國法律和慣例而定。如在申請過程中出現一些問題，可以直接與國外合作方律師或代理進行溝通，對申請國注冊的進展情況可以更明朗及時了解其流程，可以有效避免官方意見文件的發生。即使在被駁回后，也能非常準時、有效的提交復審文件。
3.申請人不需要在原屬國提出基礎申請，可以直接向所需要注冊的國家提出申請，直接向各國提出申請是最普遍的申請方法。
4、商標注冊成功后可直接常規注冊證。通過馬德里注冊可以下載電子版本的注冊證。
5、逐一國家注冊的缺點：費用較高。
